La presente investigación tuvo como objetivo comparar el rendimiento académico de los estudiantes de las modalidades Jornada Escolar Completa (JEC) y Jornada Escolar Regular (JER) de egresados de educación secundaria de la región Junín. El tipo de investigación fue básica, descriptiva y transversal, con un enfoque cuantitativo y un nivel descriptivo-comparativo. Tipo censal, considerando 576 estudiantes, los instrumentos utilizados fueron las actas consolidadas de evaluación final de Educación Básica Regular proporcionadas por el Ministerio de Educación del Perú. Para comparar los resultados se utilizó el paquete informático Office: Excel y el programa SPSS, en los niveles de logro en las áreas de Matemáticas, Comunicación, Inglés y Educación para el Trabajo.Los resultados encontrados fueron insignificantes en la JEC con relación a la JER, si hay una diferencia de 33 centésimas entre ambas modalidades, JEC con el promedio de 14 puntos, JER de 13.77 como promedio de las 10 áreas curriculares que se cursan en Regular Educación Básica. Otro resultado obtenido fue que la JEC tuvo porcentajes ligeramente superiores a la JER, de 1 a 4 décimas de diferencia, mientras que en el área de Educación para el Trabajo, la JER superó a la JEC en 3 décimas. Se concluye que el modelo educativo JEC no afecta el rendimiento académico de los egresados de la primera promoción de la provincia de Satipo, Junín.Ante este resultado, surge la necesidad de profundizar en este estudio las decisiones tomadas durante las horas asignadas en ambas modalidades a nivel regional y nacional por el Ministerio de Educación para lograr la calidad educativa deseada.